申請そのものは、郵送もオンラインも登記所へ出向かずに出せます。遠方から紙の証明書を届けるという点で見ると、二つは、取り壊した業者から受け取った証明書が申請と同じ便で着くか、別便になって申請とは別の期限を持つかで分かれます。一度で済ませるなら、申請書とその証明書を1つの封筒に入れて郵送します。紙を後から届ける期限は、そもそも生まれません。
記載例に並ぶ添付は、業者が書く一枚
法務省の記載例では、建物滅失登記の申請書の添付情報の欄に「建物滅失証明書」の1点が書かれています。相続人が出す滅失登記の記事でも触れた、取り壊した業者の証明書のことです。

記載例の注記は、この証明書に業者の印鑑証明書を添え、業者が会社なら代表者の資格を証する書面(登記事項証明書など)も添える形を示しています。鳥取地方法務局の確認表は、証明書を「実印が押印されたもの」と書きます。
この証明書は、申請する人が自分で作れる書類ではありません。名義人本人が出しても、相続人が出しても、この一枚は業者から受け取った紙として手元に来ます。記載例も確認表も、印を押した紙の証明書を前提に書かれています。
法務局の建物滅失のオンライン申請の案内と操作マニュアルは、申請する人として所有者本人を書き、相続人が出す場面を書いていません。この先の受付や紙の期限は法令の決まりで、案内が決めたものではありません。ただ、それをオンラインでたどる手順は、本人が出す前提で説明されています。相続人として出すなら、手順を資料でたどれる経路は郵送です。
送信のあとに始まる、紙の期限
オンラインでは、申請を送信したあとに登記所の受付が立ちます。証明書の紙をあとから出す方式(特例方式)なら、その紙を受付の日から2日以内に登記所へ着かせます。

紙を持って行くか送るかは選べます。どちらにしても、申請とは別の便です。

証明書をスキャンし、自分の電子署名を付けてオンラインの申請に添える道もあります。ただしその場合も、登記官が決める期間のうちに原本を登記官に見せなければなりません。期限の長さは道によって違っても、紙の期限が申請とは別にもう1本立つ点は変わりません。
封筒ひとつに入れるもの
封筒には、申請書と建物滅失証明書、業者の印鑑証明書を入れ、業者が会社なら代表者の資格を証する書面も入れます。鳥取地方法務局の確認表は、申請書に業者の会社法人等番号を書けば印鑑証明書を省けるとしています。相続人として出すなら、相続を証する書類も同じ封筒に入れます。
大阪法務局は、郵便で出した申請は登記所に着いた日が申請日になると注記しています。投函した日ではありません。
送り方は書留か、配達の記録が残る信書便です。宛先は管轄の登記所で、封筒の表に「不動産登記申請書在中」と書きます。
封をした封筒の中で、証明書は申請書と一緒に登記所へ向かいます。どの方式で出すかは、その封をした時点で決まっています。
2026年9月時点の不動産登記の法令と、法務省・法務局が公開している記載例・案内・マニュアル・チェックリストによります。

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